Les cours d’eau sur le territoire offrent des habitats variés, permettant à l’ensemble du territoire d’offrir une bonne diversité de poissons. Plusieurs inventaires ichtyologiques ont été réalisés aux cours des dernières années dans les bassins versants des rivières Beauport, Cap Rouge et Saint-Charles ainsi qu’au lac Saint-Augustin. Aucune étude complète n’a été faite dans le bassin du ruisseau du Moulin et dans les cours d’eau dans la portion de la bordure du fleuve (mis à part le fleuve Saint-Laurent lui-même). Toutefois, quelques cyprinidés (communément appelés menés), ont été retrouvés lors de la caractérisation du ruisseau du Moulin effectuée par la CAGEQ en 2009 (CAGEQ, 2009).
Entre 1983 et 2007, le ministère des Ressources naturelles et de la Faune a fait plusieurs inventaires ichtyologiques dans le bassin versant de la rivière Saint-Charles (MRNF, 2010). Le ministère de l’Environnement a aussi réalisé un inventaire ichtyologique en 1999 de l’exutoire du lac Saint-Charles jusqu’à l’embouchure de la rivière dans le cadre d’une étude sur l’intégrité biologique de la rivière (Richard, 2010).
Ces inventaires ont démontré que le bassin versant de la rivière Saint-Charles possède une bonne diversité de poissons. En effet, 12 familles de poissons ont été recensées. Il s’agit des Cyprinidés (12 espèces), des Percidés (6 espèces), des Gastérostéidés (4 espèces), des Catostomidés (2 espèces), des Centrarchidés (2 espèces), des Salmonidés (2 espèces), des Cottidés, des Ictaluridés, des Ésocidés, des Umbridés, des Pétromyzontidés et des Percopsidés qui ont chacune une espèce recensée (MDDEP, 2010).
La population ichtyologique du bassin versant est caractérisée par la présence d’espèces tolérantes, comme les catostomidés, dans la majorité des cours d’eau (MRNF, 2010). Les espèces intolérantes à la pollution (telles que la Lamproie de l’Est (Lampetra appendix) et le mené pâle (Notropis volucellus)) sont pratiquement absentes dans l’ensemble du parcours de la rivière Saint-Charles (MDDEP, 2009; Richard, 2010). De plus, lors des inventaires du ministère de l’Environnement en 1999, un fort taux d’anomalies (> 5%) a été observé chez les poissons capturés dans la moyenne et la basse Saint-Charles (MDDEP, 2009; Richard 2010).
Le ministère de l’Environnement n’a capturé aucun salmonidé dans la rivière Saint-Charles lors de ses inventaires réalisés en 1999 entre le lac Saint-Charles et l’embouchure de la rivière Saint-Charles (Richard, 2010). Toutefois, il y a présence d’ombles de fontaine en amont, dans les cours d’eau les moins dégradés dans lesquels on trouve fréquemment des populations allopatriques (dans les rivière des Hurons, Noire, Hibou, Jaune, du Berger et des Sept Ponts ainsi que dans les ruisseaux des Friches et des Trois Lacs) (MRNF, 2010; Canards Illimités Canada, 2008; Richard, 2010). En 2006, le lac Beauport a été inventorié par le Conseil de bassin de la rivière Saint-Charles. Seulement trois espèces de poissons ont été recensées dans le lac Beauport, soit l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis), l’achigan à petite bouche (Micropterus dolomieu) et le mulet à corne (Semotilus atromaculatus). Seule l’omble de fontaine est indigène au lac, l’achigan ayant été introduit. En 1970, deux autres espèces avaient été trouvées, soit l’umbre de vase (Umbra limi) et l’épinoche à cinq épines (Culaea inconstans), aujourd’hui absents du lac Beauport (Fleury, 2006; MRNF, 2010). Au lac Saint-Charles, les populations indigènes de touladi (Salvelinus namaycush), de cisco de lac (Coregonus artedi) et d’omble de fontaine sont disparues ou tout près de disparaître au profit des populations de perchaude (Perca flavens), de meuniers noir et rouge (Catastomus castatomus et Castatomus commersoni) et du grand brochet (Esox lucius) qui a été introduit illégalement au début des années 90 (MRNF, 2006; Légaré 1998). Mentionnons la présence de la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) au lac Saint-Charles (MRNF, 2010; Canards Illimités Canada, 2008).
Si de nombreuses espèces de poissons sont présentes dans la rivière Saint-Charles, un certain nombre ne s’y retrouve toutefois plus. C’est le cas de l’alose savoureuse, du saumon de l’Atlantique, de l’éperlan et du poulamon.
En ce qui concerne l’alose savoureuse, le naturaliste Pierre Boucher estimait en 1664 qu’elle n’était nulle part ailleurs au Canada aussi abondante que dans la rivière Saint-Charles. La détérioration de la qualité de l’eau et la construction du barrage à l’embouchure auraient causé la disparition de l’espèce dans la rivière. Suite au déclin marqué des captures commerciales au début du XXe siècle, l’alose a été inscrite sur la Liste des espèces susceptibles d’être désignées menacées ou vulnérables en vertu de la Loi québécoise sur les espèces menacées ou vulnérables (Robitaille, 1997).
Le saumon de l’Atlantique remonte le fleuve Saint-Laurent pour aller frayer dans la rivière Jacques-Cartier, située en amont de la rivière Saint-Charles. La qualité de l’eau actuelle dans la rivière Saint-Charles, de même que la présence du barrage à l’embouchure empêchent le saumon de remonter la rivière. Toutefois, on pêchait le saumon au début du XXe siècle à la hauteur de ce qui était autrefois appelé le village Les Saules (Roberge, 1999).
On rapporte également que l’éperlan se pêchait en grande quantité dans la rivière Saint-Charles jusque dans les années soixante (Roberge, 1999). La construction du barrage Joseph-Samson, à la fin des années soixante, aura vraisemblablement mis fin à cette pratique en empêchant le poisson de remonter dans la rivière.
Enfin, jusqu’à la Première Guerre mondiale, le poulamon se pêchait dans l’embouchure de la rivière Saint-Charles au cours des mois de décembre et janvier. Comme cela se fait encore aujourd’hui sur la rivière Sainte-Anne, on voyait de nombreuses cabanes de bois sur la glace de la rivière Saint-Charles à cette période de l’année (Roberge, 1999).
Diverses études effectuées entre 1994 et 2009 ont permis de caractériser l’ichtyofaune présente dans la partie aval du bassin versant de la rivière du Cap Rouge. Mentionnons ici les pêches expérimentales à la seine et verveux complétées par la firme ARGUS en 1994, les deux stations de pêches électriques faites par le MRNF en 1991, la campagne de pêche avec bourrole par la firme Roche en 2009, ainsi que l’observation de poissons morts suite à une déverse accidentelle d’hydrocarbures en 1999 (Écovision, 2002; Argus, 1994; Roche 2010). En 2011, l’OBV de la Capitale, en collaboration avec le Conseil de bassin de la rivière du Cap Rouge et avec l’appui du MRNF – direction régionale Capitale Nationale-Chaudière-Appalaches, a pu compléter des pêches électriques et des pêches à la seine dans le but de caractériser les populations ichtyologiques dans l’ensemble du bassin versant de la rivière du Cap Rouge. Ce projet a permis d’ajouter 7 espèces à la liste d’espèces répertoriées jusqu’à date dans les cours d’eau du bassin versant de la rivière du Cap Rouge.
Ces inventaires ont en outre démontré que le bassin versant de la rivière du Cap Rouge possède une bonne diversité de poissons. En effet, 13 familles de poissons ont été recensées. Il s’agit des Cyprinidés (8 espèces), des Percidés (4 espèces), des Gastérostéidés (3 espèces), des Catostomidés (3 espèces), des Clupéidés (2 espèces), des Cottidés (2 espèces), des Umbridés, des Percopsidés, des Salmonidés, des Osméridés, des Cyprinodontidés, des Péromyzontidés et des Anduillidés qui ont chacune une espèce recensée (Écovision, 3003; Argus, 1994; Roche 2010; MRNF, 2011a).
Parmi les études recensées, celle complétée par la firme Argus en 1994 compare les prises de deux stations, une se trouvant à 800 mètres de l’embouchure de la rivière du Cap Rouge et l’autre à environ 2,3 kilomètres en amont de l’embouchure. Les pêches ont été complétées avec l’utilisation de seines et de verveux. Un plus grand nombre d’espèces a été répertorié à la station sous l’influence des marées qu’à la station plus en amont. Des espèces comme l’anguille d’Amérique (Anguilla rostrata), le doré jaune adulte (Sander vitreus), le fondule barré (Fondulus diaphanus) ainsi que l’épinoche à trois épines (Gasterosteux aculatus) sont parmi les espèces retrouvées dans l’estuaire de la rivière du Cap Rouge et sont des prises plus typiques des eaux douces du Saint-Laurent (Argus, 1994). Lors des pêches complétées en 2011, trois coups de seine ont été effectués à l’embouchure de la rivière du Cap Rouge. Ainsi, des alevins de gaspareau, de doré jaune, de doré noir (Sander canadensis) et de perchaude (Perca flavescens) ont été observés à l’estuaire de la rivière du Cap Rouge (MRNF, 2011a). La présence de castomidés a été observée aux stations de pêche en aval de la confluence de la branche sud-ouest rivière du Cap Rouge avec le ruisseau d’Eau Claire lors des pêches électriques effectuées à l’été 2011 (MRNF, 2011a).
En ce qui concerne l’omble de fontaine, le ruisseau d’Eau Claire et la partie amont de la rivière du Cap Rouge abritent des populations sympatriques et le ruisseau Bélair et le ruisseau Guillaume abritent des populations allopatriques (MRNF, 2011a).
Aucune donnée piscicole n’est disponible pour les tributaires et la décharge du lac Saint-Augustin. En 1993, un inventaire à la seine et au filet au lac Saint-Augustin, fait par le ministère de l’Environnement et de la Faune, a validé la présence de cinq familles de poissons, soit les Cyprinidés, les Percidés, les Centrarchidés, les Ictaluridés et les Ésocidés. Les sept espèces répertoriées lors de cette étude sont le doré jaune (Sander vitreus), la perchaude (Perca flavescens), le crapet-soleil (Lepomis gibbosus), le mené jaune (Notemigonus crysoleucas), la barbotte brune (Ameiurus nebulosus), le mulet à cornes (Semotilus atromaculatus) et le maskinongé (Esox masquinongy) (Bergeron et al., 2002).
Certaines espèces sont caractéristiques des milieux chauds à végétation dense, aux eaux peu profondes et turbides. C’est le cas du maskinongé, du crapet-soleil et du doré jaune. Pour les autres espèces de poissons retrouvées dans le lac Saint-Augustin, leur habitat semble plus varié (Bergeron et al., 2002; Bernatchez et Giroux, 2000).
Des pêches électriques ont été effectuées dans la rivière Beauport entre 1984 et 2005 par le ministère des Ressources naturelles et de la Faune. Les 8 espèces recensées lors de ces pêches appartiennent à 4 familles: les salmonidés, les cottidés, les castomidés et les cyprinidés (MRNF, 2011b). Sur les 21 stations, l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis) a été capturé dans 17 d’entre elles. Mentionnons que dans les 4 autres sites, il n’y avait aucune capture. Neuf de ces sites présentent des populations allopatriques, ceux-ci se retrouvant en majorité en tête du bassin de la rivière Beauport, dans le secteur du lac Caché. Outre l’omble de fontaine, la rivière Beauport et ses tributaires hébergent le mulet à cornes (Semotilus atromaculatus), le chabot visqueux (Cottus cognatus), le chabot tacheté (Cottus bairdii), le naseux des rapides (Rhinichthys cataractae), le naseux noir (Rhinichthys atratulus), le meunier rouge (Catostomus carostomus), la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss), ainsi qu’une espèce de chabot non identifié.
En 2010, des pêches à la seine effectuées par le G3E ont relevé la présence d’éperlans arc-en-ciel (Osmerus mordax) lors de la migration printanière pour la fraie, augmentant le nombre d’espèces repérées dans le bassin versant à 9 et le nombre de famille à 5 (osméridés) (Talbot, 2011). En 2011, le MRNF – direction régionale de Québec et Chaudière-Appalaches, a voulu identifier les lieux de fraie utilisées par l’éperlan dans la rivière Beauport. Lors de leurs efforts en 2011, aucune capture d’éperlan et aucune collection d’œuf n’a eu lieu, donc aucun site de fraie n’a pu être identifié. Toutefois, les conditions météorologiques de 2011 n’étaient pas optimales pour la migration de l’éperlan dans la rivière Beauport. L’utilisation de la rivière Beauport comme lieu de fraie ne peut être confirmée suite aux observations d’une seule année (Talbot, 2011).
Selon le Plan d’action et de réhabilitation écologique du fleuve Saint-Laurent pour le secteur Québec-Lévis, ce secteur comporte une grande diversité de poissons, avec 71 espèces (Zip Québec et Chaudière-Appalaches, 1998). Les espèces dominantes sont la perchaude (Perca flavescens), le meunier noir (Catostomus commersoni), le meunier rouge (Catostomus catostomus), le poulamon atlantique (Microgadus tomcod), le grand brochet (Esox lucius) et la barbue de rivière (Ictalurus punctatus).
En 1998, un inventaire d’esturgeon noir (Acipenser oxyrynchus) a été exécuté dans le fleuve Saint-Laurent par les biologistes de la Société de la Faune et des Parcs du Québec pour le Plan d’action Saint-Laurent vision 2000. Ils ont trouvé, dans le port de Québec, un site d’alimentation d’esturgeon noir. En raison de la richesse du site en invertébrés, beaucoup de ces poissons s’arrêtent pour y manger (Saint Laurent vision 2000, 2001).
Enfin, l’estuaire du Saint-Laurent constituait autrefois un habitat important pour le bar rayé (Morone saxatilis). L’espèce a toutefois disparu complètement dans les années 60, la dernière observation remontant à 1968 (COSEPAC, 2004). Sa disparition a été causée par la surpêche, combinée à des facteurs détériorant l’habitat tels que le dragage et la pollution de l’eau (Pelletier, 2009). Un programme de réintroduction est toutefois en cours et parmi les observations faites, on recense une frayère dans le Fleuve à la hauteur de Montmagny et des juvéniles dans la baie de Beauport (Talbot, 2012).
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Mis à jour le 3 février 2014
