Mis sur pied par le Conseil régional de l’environnement – région de la Capitale nationale, l’Organisme des bassins versants de la Capitale (anciennement le Conseil de bassin de la rivière Saint-Charles) est un organisme à but non lucratif légalement constitué depuis juillet 2002. L’organisme se concentrait à l’origine sur le bassin versant de la rivière Saint-Charles, qui constituait l’un des 33 bassins versants jugés prioritaires par la Politique nationale de l’eau en raison de problématiques environnementales ou de conflits d’usage.
Mandaté pour mettre en œuvre la gestion intégrée de l’eau par bassin versant, le Conseil de bassin de la rivière Saint-Charles a réuni les acteurs du milieu pour élaborer le Plan directeur de l’eau de la rivière Saint-Charles. Ce dernier fut déposé au ministère du Développement durable, de l’Environnement et des Parcs (MDDEP) en juillet 2009, et a reçu l’approbation ministérielle en décembre de la même année.
En mars 2009, le MDDEP annonçait un redécoupage majeur du Québec méridional afin que l’ensemble du territoire soit couvert en zone de gestion intégrée de l’eau. C’est ainsi que le Conseil de bassin de la rivière Saint-Charles est devenu l’Organisme des bassins versants de la Capitale et a vu son territoire s’élargir pour inclure les bassins versants des rivières du Cap Rouge et Beauport, du lac Saint-Augustin, du ruisseau du Moulin ainsi que la bordure du fleuve.
En 2002, pour la première fois de l’histoire, le Québec adopte une Politique nationale de l’eau. Ainsi, le gouvernement s’est engagé à mettre en place la gestion intégrée de l’eau au Québec en soutenant financièrement et techniquement la création d’organismes qui œuvrent à l’échelle du bassin versant.
Le but de cette politique est d’assurer une gestion durable de la ressource en eau ainsi que d’assurer la protection de la santé publique et des écosystèmes aquatiques.
À ce moment, il y avait 33 organismes de bassins versants sous la forme juridique d’organismes à but non lucratif (OBNL), couvrant 25% du territoire québécois. Il s’agissait des bassins versants des 33 rivières jugées prioritaires. En 2009, suite à l’adoption de la Loi sur l’eau, l’ensemble du Québec fut divisé en 40 zones de gestion intégrée de l’eau. Ainsi, il y a maintenant 40 organismes de bassins versants (OBV) reconnus; chaque OBV est responsable d’une zone de gestion intégrée de l’eau.